Ngay sau sự kiện này, Amangkurat lâm bệnh khi lưu vong. Theo Babad Tanah Jawi, cái chết của ông là do nước dừa nhiễm độc do thái tử đưa cho. Mặc dù vậy, ông vẫn chỉ định con trai mình làm người kế vị, nhưng kèm theo lời nguyền cho con cháu của người này rằng sẽ trở thành vua nhưng chỉ trị vì trong một thời gian ngắn, ngoại trừ một người. Amangkurat còn lập di chúc cho con trai mình cầu cứu Công ty Đông Ấn Hà Lan để chiếm lấy vương vị từ Trunajaya.[cần dẫn nguồn]

Amangkurat chết trong rừng Wanayasa và được chôn cất gần thầy của mình gần Tegal. Vì đất thơm nên ngôi làng nơi ông được chôn cất được gọi là Tegalwangi hay Tegalarum. Mười hai người lính Hà Lan do Oufers chỉ huy đã đến dự đám tang của ông.[cần dẫn nguồn]

Ông được con trai cả của mình kế vị susuhunan vào năm 1677,[10] người này trị vì với hiệu là Amangkurat II.